白云区妇幼保健院是全区妇幼工作的指导中心、出生缺陷干预中心及产前诊断中心，是白云区妇幼保健系统三级网络的网顶单位。

医院产前诊断中心是集遗传咨询门诊、超声诊断和遗传实验室为一体的综合科室，主要负责孕前、产前的优生遗传咨询、产前筛查和产前诊断工作。于2020年12月通过省级评审，成为白云区内的第二家产前诊断机构。

产前诊断中心开展项目包括：早期和中期唐氏筛查、地中海贫血筛查及基因诊断、血红蛋白电泳、耳聋基因检查、病原学基因诊断及染色体病的外周血、绒毛、脐带血以及羊水的细胞诊断等。

遗传咨询门诊常年开诊，负责优生优育咨询及产前筛查异常的遗传咨询和诊断，开展绒毛穿刺、脐带血穿刺及羊水穿刺的产前诊断操作，操作技术娴熟，连续多年穿刺术后并发症零发生，每年都检出严重染色体病胎儿（如唐氏综合征、爱德华综合征等）、重型地贫胎儿多例并及早进行干预引产，有效的减少了出生缺陷儿的发生。