出生缺陷作为全球共有的公共卫生问题，是导致婴儿死亡率和儿童发病率升高的主要原因，严重影响儿童的生存和生活质量，给患儿及其家庭带来巨大痛苦和经济负担。一直以来，长沙市妇幼保健院高度重视出生缺陷防治工作，通过多方举措，切实提高出生人口素质。

2006年，医院成为长沙市产前诊断中心、长沙市新生儿疾病筛查中心；2019年，成为长沙市出生缺陷临床精准防控研究中心。近年来，长沙市妇幼保健院着力提升妇幼健康服务能力，重点推进保障母婴安全、防控出生缺陷、实施妇幼健康等民生实事，妇幼卫生事业呈现出极大活力。2020年，医院成为全国出生缺陷防治人才培训协同单位，开展了新生儿原发性免疫缺陷筛查技术，为有效降低新生儿出生缺陷率提供了新的解决思路。