上海中医药大学首席教授，研究员，主任医师，博士研究生导师，博士后指导老师。现任上海中医药大学副校长，上海市中医药研究院副院长。国家杰青、长江学者、国家“973”计划项目首席科学家、国家重点研发计划首席专家；担任国家重点学科（中医骨伤科学）学术带头人、国家中医临床研究基地（骨退行性病变）负责人、教育部筋骨理论与治法重点实验室主任、国家教育部“创新团队”负责人、国家科技部重点领域“创新团队”负责人、上海市“重中之重”临床医学中心主任、上海市协同创新中心主任。担任国务院第8届学位委员会中医学组召集人，中华中医药学会精准医学分会会长，中华中医药学会骨伤科分会副会长。

主持国家重点研发计划项目、国家自然科学基金重点项目等国家级项目30多项。作为第一完成人，荣获2项国家科技进步奖二等奖以及2项上海市科技进步奖一等奖、中华医学科技奖（自然科学类）一等奖、高等学校科学技术奖一等奖以及首届全国教材建设奖（高等教育类）二等奖等奖项。曾荣获全国先进工作者、全国优秀科技工作者、“万人计划”百千万工程领军人才、中医药传承与创新“百千万”人才工程—岐黄工程首席科学家、国家中医药领军人才（岐黄学者）、首批全国高校黄大年式教师团队带头人等称号。

王拥军致力于“慢性筋骨病”研究，不断探索慢性筋骨病从气血、肝肾、筋骨、阴阳论治疗效产生的内在规律和临床指导意义，重点进行“气血理论”以及“肾藏精”、“肾主骨”理论的创新研究。