总院内窥镜中心始建于2001年，占地约1230平。分院内窥镜中心位于疏附广州新城喀什地区第一人民医院，占地约1500平，于2021年10月正式投入使用。中心拥有奥林巴斯290主机5台、奥林巴斯260主机4台、富士蓝激光1台等先进设备。拥有消化道检查室7间，呼吸道检查室4间，拥有国内先进的内镜清洗消毒灭菌设备的清洗消毒间4间。同时拥有独立的纯水间、储镜间。主要承担本市及周边县市的各类内镜下急诊、三、四级病例及常规患者，如：内镜下食道异物取出术、气道异物取出术、ESD、ERCP、EBUS等。年病人量达一万5千余人次。