中国医科大学附属盛京医院小儿消化内科成立于二十世纪八十年代，是国内较早成立的儿科消化专科病房之一。在几代人的共同努力下，现已成为国内具有一定影响力的专业科室。2000年获得博士学位授权点，近20年先后培养了22名博士研究生，117名硕士研究生。

小儿消化内科病房目前拥有床位45张，专科病房使用面积630m²，年专家门诊量3万余人，年收治患儿2100余人，承担东北及内蒙地区绝大多数疑难和重症患儿的诊治。消化儿科诊治的病种广泛，在儿童胃病、肠病、肝病、腹泻病以及婴儿胆汁淤积性肝病等方面都有较高的、较全面的临床诊治和学术研究水平，处于国内领先地位。

现任小儿消化内科病房主任毛志芹于1985年毕业于中国医科大学儿科系后留校进入本专业至今，现为教授，主任医师，儿科学博士，硕士研究生导师，现任中华预防医学会儿科微生态学组委员；中国医师协会儿科医师分会儿科感染专业委员会委员；辽宁省中西医结合学会儿科分会副主任委员，东北三省微生态协作组组长；辽宁省免疫学会儿童免疫分会副主任委员；曾任中华医学会儿科感染学组（15,16,17届）委员。近年来参加全国统编教材《小儿传染病学》5年制（第4版，第5版），《儿科感染性疾病诊疗规范》（第1版，第2版）（人民卫生出版社）。副主任许玲芬教授，主任医师，儿科学博士，硕士研究生导师，是美国辛辛那提儿童医院儿童医学中心胃肠、肝病、营养科高级访问学者，担任中华医学会儿科学分会消化学组青年学组副组长、中国医师协会新生儿肝病学组委员、中国医药教育协会基层医药教育专业委员会委员、福棠儿童医学发展研究中心消化内镜专业委员会委员、东三省儿科微生态学组副主任委员、辽宁省基层卫生协会儿科专业委员会常务委员，主持国家自然基金青年基金、辽宁省科技厅、教育厅、沈阳市科技厅基金多项，在国内外核心期刊发表相关论文多篇。

消化儿科拥有非常优秀的业务骨干，在长期不懈的努力下，消化儿科已逐渐细化为三个亚科：①肝胆胰组：在巨细胞病毒肝炎、婴儿胆汁淤积症、小儿各种肝病及重症胰腺炎的诊治在国内都达到领先水平。其中胆汁淤积性肝炎的综合诊治、肝穿刺诊断肝病、经胃镜空肠置管治疗重症胰腺炎、巨细胞病毒肝炎患儿的听力损伤监测、代谢组研究探讨婴儿胆汁淤积症的病因、citrin蛋白缺乏症的基因诊断等先后在院内三新项目立项并获奖。②胃肠组：在小儿胃肠病积攒了丰富的临床经验，对消化性溃疡、消化道出血、炎症性肠病、嗜酸细胞性胃肠炎、肠淋巴管扩张症、腹型过敏性紫癜、各种急慢性腹泻等疑难重症的诊治在国内达到领先水平。③内镜组：作为国内较早开展小儿胃镜和新生儿胃镜的学科之一，近三十年已开展万余例。经胃镜检查年龄最小的患儿为生后21小时，最轻体重患儿仅为1900克。经小儿胃镜诊断各种胃病、诊治消化道出血、钳取异物已是常规技术，近年又开展经胃镜诊断小肠淋巴管扩张症、结合病理诊断嗜酸细胞性胃肠炎。先后开展经胃镜食管息肉电灼切除、内镜超声引导下胰腺假性囊肿引流术、内镜下食管扩张和经鼻空肠营养管置入术等，均达国内领先水平。