感染三科成立于2014年，在诊治获得性免疫缺陷病毒感染的患者合并结核、艾滋病合并肿瘤、HIV母婴阻断、侵袭性真菌病、细菌性血流感染、中枢神经系统感染（弓形体脑病、JC病毒感染等）、巨细胞病毒性视网膜炎、肺炎等机会性感染、急性HIV感染、老年艾滋病患者合并内科疾病、艾滋病合并梅毒等凸显特色。经过多年发展，现已发展为一支专业水平高、人才结构合理、科研教学能力突出，涵盖感染、肿瘤、中医、药学、影像、营养康复、护理、心理等专家组成的多学科（MDT）医疗服务团队。

感染三科首创HIV肿瘤患者一站式多学科医疗模式，为艾滋病合并肿瘤患者提供早期肿瘤的筛查、防治、手术前后辅助化疗、晚期患者的姑息、减毒化疗、癌性疼痛控制和中医调理等个体化治疗，同时在肿瘤并发症早期预防和疾病延续护理等经验丰富。母婴阻断方面，为HIV孕产妇及新生儿提供专业的抗病毒治疗、指导新生儿合理喂养、儿童追踪随访等服务，承担广东省妇幼系统艾滋病母婴阻断的督导教学工作，及四川凉山昭觉艾滋病母婴阻断的技术支持，参与制定“昭觉艾滋病母婴阻断及新生儿筛查及抗病毒治疗规范”。

科室拥有急重症救治医护团队，感染性休克及重症肺炎患者治疗成功率达90%以上。科室首创隐球菌保守治疗-腰大池引流-脑脊液药物浓度检测-外科介入的系列流程，患者预后显著提高，成为全国艾滋病青年骨干医生培训班的示教课程。此外，对中枢系统结核菌感染及耐药结核治疗亦经验丰富，是国内HIV/TB双感患者治疗重点单位之一。多位专家参与“十一五至十三五”艾滋病国家重大专项研究，制定了《艾滋病合并侵袭性真菌病诊治专家共识》、《人类免疫缺陷病毒/艾滋病患者合并非结核分枝杆菌感染专家共识》、《整合酶抑制剂临床应用专家共识》、《中国人类免疫缺陷病毒感染的特殊群体抗病毒治疗专家共识》、《2020年HIV阳性孕产妇全程管理专家共识》，在国内外权威期刊发表学术论文百余篇。