感染科是阜阳市第四周期临床特色学科，是阜阳市感染病医疗、预防、教学与研究基地，也是阜阳市感染病医疗质量控制中心靠挂单位，分为感染科一病区、感染科二病区、感染科三病区，拥有床位200张，高级职称5名，中初级职称50余名，其中蚌埠医学院兼职教授1人，多人分别任安徽省医学会传染病与寄生虫病学分会委员，安徽省医学会灾难医学分会委员，阜阳市医学会感染病学分会主任委员、副主任委员、委员，阜阳市艾滋病抗病毒治疗专家组成员。科室配备监护仪、亚低温治疗仪、呼吸机、床旁摄片机、血液滤过仪等诊疗设备。曾在国内有影响的期刊发表论文10余篇，获市科技进步三等奖2项。