外科是以艾滋病合并外科疾病患者手术为主要特色的综合型临床专业科室，包括普通外科、泌尿外科、骨外科、胸外科、肛肠科、妇科及麻醉科等多种专业，2010年单独成立，目前已经拥有一批综合素质都较强的医生护士团队，科室人才优势明显，结构合理。目前外科医护人员共有39人，其中医生16人，护士23人。其中主任医师1名，副主任医师3名，主治医师8名，住院医师4名，主管护师9名，护师10名，护士4名，已形成专业齐备、梯队合理、技术精湛的临床医疗技术团队。
经过近13年的不懈努力，科室业务水平在省内艾滋病患者外科手术方面已处于领先地位，临床各专科在省内均享有盛誉，全省16个地州、129个县的大部分HIV感染的手术患者均慕名而来，也有部分省外患者，病人数量逐渐增多，手术开展范围越来越广，涉及外科的各个领域。尤其近年在院领导的大力支持下，引进国内外先进的新设备和器械，使微创手术上了一个新的台阶，缩短了患者的住院时间、减轻了患者的经济负担，大部分医师均经过在三级综合医院进行相关专业的培训、进修学习，综合水平比较全面，外科手术范围大、难度高、操作精细，整体实力不断发展，医务人员从开科时的19人增加到了39人，科室临床技术水平已取得长足的进步，病人数量和手术量有了迅猛增长，目前已为艾滋病患者实施了4000多台手术，取得了很好的社会效益和经济效益。

在省委省政府和各级领导的支持下建了艾滋病外科大楼，于2018年7月投入使用，设有腔镜手术室、骨科防辐射手术室、负压手术室，病房标准床位43张。
已拥有现代化的医疗设备，麻醉机3台，呼吸机1台，以及高清腹腔镜、4K胸腹腔镜、超声刀、膀胱镜、胆道镜、输尿管硬镜、输尿管软镜、多功能等离子能量平台、气压弹道碎石机、钬激光等微创设备。
我科通过“派出去、引进来”的方式，即将我们的医务人员派出去到省内外三级甲等医院进修、培训；对于疑难、复杂的手术请院外专家到我科进行技术指导和协助手术，目前我科技术水平有了很大的提高，已成功独立完大部分高难度手术。能够独立熟练完成普外、泌尿外科、妇科、骨科常见多发手术，以及肝胆、胃肠、肛肠、乳腺、甲状腺、肺、肾、膀胱等恶性肿瘤的规范化根治手术，并能完成周围血管病、胆石症、急腹症等良性疾病的外科手术，手术效果良好。为了降低开放手术带来职业暴露的风险，科室建设突出微创特色，已常态化开展腹腔镜胆囊切除术、腹腔镜肾脏切除，腹腔镜肾癌根治，腹腔镜输尿管切开取石，腹腔镜直肠癌、结肠癌根治，腹腔镜阑尾切除术、腹腔镜肾囊肿开窗引流术、子宫肌瘤切除术、子宫全切术等；气压弹道碎石取石术、输尿管软镜、硬镜下钬激光碎石取石术，经尿道等离子前列腺电切术、膀胱肿瘤电切等微创手术。
同时外科胃肠镜室已广泛开展了艾滋病患者的胃肠镜检查和治疗，进行艾滋病合并胃肠道肿瘤的早期筛查工作，使胃肠肿瘤早发现、早诊断、早治疗，提高了胃肠肿瘤患者的治疗效果，延长患者的预期寿命。
对恶性肿瘤术后患者以及失去手术机会的晚期艾滋病患者，通过与云南省肿瘤医院，昆明医科大学第一附属医院、第二附属医院等多家医院合作，省内专家协作指导，采用规范化疗、放疗、内分泌治疗或免疫治疗等手段，不但提高了艾滋病患者的生活质量，延长了生存期，而且使部分患者达到了临床治愈，取得了令人满意的效果。

外科服务理念：不歧视、不推诿、不拒收任何一例艾滋病患者，接待好、管理好、服务好并善待每一个需要手术的患者。

外科愿景：希望通过我们的努力，形成云南省内艾滋病和感染性疾病外科领域的最强团队和新高地及制高点，愿每一例艾滋病合并外科疾病患者都能得到及时有效的手术和治疗，愿他们早日康复，回归社会、回归家庭。