肛肠科是祈福医院的特色科室，由多位经验丰富的肛肠专家坐诊，技术力量雄厚，拥有各种国际先进水平的检查设备和治疗仪器，汲取中西医、自然疗法之精华，采用微创微痛手术和中医辨证论治理论，并灵活运用中医药技术，如中药内服、外敷、熏洗、肠道保留灌注、穴位注射、按摩等方法，综合治疗肛门、直肠及结肠的各种疾病。
科室以患者为中心，实行男女分治，根据客人不同需求，设有普通病房、VIP单间及豪华套间等多种选择，为国内外患者提供诊断、治疗和护理的一站式服务。