消化内科于2018年9月开科，是海南省儿童医院的重点专科。消化内科是集临床、科研、教学为一体的专业科室，由消化科病房、消化内镜治疗中心、消化科专科门诊等三部分组成。为患者提供消化道常见疾病的诊疗，尤其对消化系统少见病、疑难病的诊疗及危重病例的综合抢救，提供更确切地帮助。对儿童消化系统疾病，胃及十二指肠疾病、急、慢性肠炎、儿童食物过敏性胃肠道疾病、便秘、肝功能异常、黄疸等提供一系列成熟的诊断和治疗方案。已开展儿童消化内镜检查及治疗，开展13-碳尿素呼气实验，也将陆续开展胶囊内镜等诊疗工作。消化内科已在逐步打出自己的专业品牌，受到患者的认可。