药学部设有门诊药房、急诊药房、儿科药房、中药房、病区药房、静脉用药调配中心药库、临床药学、制剂生产、质检检测等部门。现有药学专业技术人员147名，其中临床药学团队37名，含主任药师2名，副主任药师5名；博士学历7名，硕士学历16名，硕士生导师1名。2017全年调配处方量7977273张，医嘱审核173776次，优化临床药物治疗的用药建议2799次，为患者提供用药教育25523人次，静脉药物冲配724587袋，制剂生产1593801支，TDM及药物相关个体化基因检测21720例次。2010年12月，药学部成为全国首批五家国家重点临床药学专科建设单位之一，获得全国医院药事管理优秀奖等奖项。2018年获批上海市临床重点专科（展两翼）建设项目。2018年成立上海交通大学医学院临床药学创新研究院。2016、2017年度中国医院最佳专科声誉排行榜中，新华临床药学连续进入全国排名前十。近五年，药学疑难病例会诊、优化用药方案的数量持续增长；创新开展药学门诊，合理用药前置审方系统，基于TDM和基因检测的精准用药方案设计等工作。建设移动药师信息系统、药品物流条码追溯系统、冷链管理平台、不良反应监测平台、iPharma智能药学服务平台，秀丽线虫模式动物药物筛选平台等，有效保障医疗质量和用药安全。药学部每年为全国培养多名优秀的临床药师。2006年起为卫生部首批十九家临床药师培训基地之一，2017年成为中华医学会临床药师和师资培训中心。每年举办全国性药学论坛和国家级继续教育项目，培养基层药师，为带动临床药学发展发挥积极作用。