常州市儿童医院感染性疾病科是常州地区唯一的儿童感染性疾病专科，承担着常州地区感染性疾病的诊治工作。

感染性疾病科成立于2014年。目前科室设有发热门诊、手足口病专病门诊、感染性疾病门诊、预防接种咨询门诊等4个门诊诊室，以及一个感染性疾病专科病区。现有专科床位41张，医师共9人，其中主任医师2名，副主任医师2名，主治医师3名，住院医师2名，硕士共3名，护理人员14人。

本科主要诊治各类病原体引起的感染性疾病，包括儿科的各种传染性疾病以及非传染性感染性疾病。主治病种有败血症、EBV感染、CMV感染、支原体肺炎、手足口病、轮状病毒肠炎、病毒性肝炎、流行性感冒、细菌性痢疾、结核病、不明原因发热等,以及各种复杂疑难与难治性感染，如发热待查、败血症、发热伴肝/脾肿大等疾病。对各种不同免疫状态人群的感染的临床经验性判断与治疗、特殊感染的综合治疗以及抗生素合理应用等方面积累了一定的经验。科室注重病原学的诊断，注重开展微生物标本的涂片、培养、PCR、以及二代测序等项目检测，力求达到目标治疗，尽力实现感染性疾病的精准治疗。

感染性疾病科同时是常州地区重症手足口病、重症流感、腺病毒肺炎及儿童结核病定点收治单位。2019年起开设江苏省首家针对特殊健康儿童的预防接种咨询门诊，很好地解决了这类特殊健康儿童预防接种的窘境。