成立于2003年的消化内科，为嘉定区两轮医学重点学科及特色专科。同年成立的消化内镜室目前以消化道早期肿瘤筛查，各种消化道疾病内镜下检查及微创手术为诊疗特色，年均开展胃肠镜检查2万余人次，超声内镜300余人次，以及各种内镜诊疗1500余人次，并熟练开展无创、无痛、无麻醉的胶囊内镜检查。为更好满足患者需求，二期综合楼新启用的内镜中心，由8间胃肠镜室和2间支气管镜室组成，相比原来的用房和布局，服务能级进一步提升。中心拥有先进的内窥镜检查系统及清洗消毒系统，配备专职洗消人员，切实保障患者安全。
      消化内科现有专科医师16名，其中主任医师3名，副主任医师3名，主治医师7名，住院医师3名，硕士以上学位11人，开放床位40张。承担上海健康医学院及山东潍坊医学院等多所高校的教学及临床实习带教任务。参与完成10余项市卫健委、区科委和区卫健委的研究课题， 发表核心期刊及SCI论文共40余篇。

      在消化系统的急、慢性疾病诊治方面，包括各种原因的消化道出血、消化性溃疡、反流性食管炎、炎症性肠病、功能性胃肠病、肝硬化及其并发症、重症胰腺炎、消化系统肿瘤等有一定特色。熟练开展各类介入手术，如脾动脉栓塞术、原发性肝癌TACE术及介入血管栓塞止血术。
      在常规开展内镜及无痛内镜治疗，如胃肠道息肉内镜下切除术、内镜下消化道异物取出术、急诊内镜下止血、内镜下扩张术治疗消化道狭窄、支架置放术治疗食管癌性狭窄、内镜下局部化疗等，积极开展各类新技术、新项目，如内镜下消化道息肉黏膜切除术（EMR），内镜下消化道肿瘤粘膜下剥离术（ESD）内镜下粘膜下肿瘤挖除术（ESE）及胃肿瘤全层切除术（EFTR） 经内镜粘膜下隧道肿瘤切除术（STER）内镜下食管静脉曲张套扎和硬化剂注射术及胃底静脉曲张组织胶注射术贲门失弛缓症的经口内镜肌切开术（POEM）。此外，在全区率先开展内镜下及双镜联合治疗粘膜及粘膜下病变及窄带成像技术结合放大内镜诊断早癌及癌前病变，及胶囊内镜、小肠镜诊治小肠病变等。