赣州市妇幼保健院妇科为医院重点建设学科。经过多年的建设与发展，妇科已发展成为集普通妇科、妇科肿瘤、盆底泌尿、计划生育、妇科内分泌、流早产防治等亚专业组成的技术全面、服务优良的重点专科，拥有一支技术精湛、医德高尚的医护队伍，现有医护人员61人，其中高级职称11人，硕士研究生2名 。赣州市妇产科学术与技术带头人一人。

妇科年门诊量达10余万余人次，开设特色门诊，如：宫颈疾病门诊、妇科肿瘤筛查专家门诊、妇科内分泌门诊、围绝经期门诊、计划生育门诊、复发性流产门诊等。年住院人数近5000人、年手术量1500例。在学科带头人胡莉琴副院长的带领下，自2006年来先后开展新技术项目20余项，团队建设不断进步，学科发展不断壮大。妇科微创技术、妇科肿瘤防治、妇科内分泌疾病的诊治、女性盆底功能障碍性疾病诊治及早产的防治技术跻身省内乃至国内先进行列。开展的妇科宫腔镜、腹腔镜和经阴道系列手术等微创技术，技术娴熟，因创伤小，痛苦小，恢复快，已成为了科室代表技术。在传统的多孔腹腔镜基础上，单孔腹腔镜手术的开展，满足了不同女性的需求。妇科是赣州最早开展子宫颈癌规范化筛查的三甲医院之一。近年来每年完成规范化宫颈癌筛查两万余人次，大力开展宫颈疾病诊疗技术的推广和培训工作，作为赣州市重大疾病“两癌”免费定点救治医院，为赣南地区宫颈癌防治工作做出了积极贡献。规范化、系统化的妇科恶性肿瘤手术及综合治疗，得到业内同行认可及患者的信赖。3D腹腔镜下妇科恶性肿瘤手术，让手术更精细更安全。全盆底重建手术的开展解决了盆底功能障碍性疾病如子宫脱垂及尿失禁等患者的难言之隐。妇科内分泌疾病及复发性流产的诊治在当地享有良好的声誉，连续五年成功举办“赣州市妇科内分泌疾病诊治新进展”学习班。早产防治专区的开设，为反复晚期流产、早产患者保驾护航，完成做母亲的愿望。