焦作市妇幼保健院儿童保健部是一所焦作市儿童保健及疾病诊治场所，拥有小儿纤维支气管镜、呼吸机、监护仪、血气分析仪、微量血糖检测仪、物理治疗仪、动态脑电图、肌电图等先进设备，诊治水平居全市领先水平，与北京儿童医院长期合作，定期请国家级专家及德国、瑞典等国际知名专家教授来院讲学、查房及指导工作。拥有医护人员163人，主任及副主任医师17人，中级职称33人。设置有儿科门急诊、儿科一区（呼吸、消化）、儿科二区（神经）、新生儿科及NICU（新生儿及其危重症）、儿童康复科、PICU（儿童危重症）、儿童保健科、儿童五官科。儿科是焦作市市级重点学科，新生儿科和儿童保健科心理保健门诊是焦作市医学重点培育学科，儿童康复科为焦作市市级特色专科，PICU为院重点科室。
儿科门急诊是焦作市最大的儿科门诊，分设有普通门诊、专家门诊、发热门诊和急诊门诊。设立有儿科特色化的雾化室和输液大厅，实行24小时急诊和无节假日门诊，门、急诊就诊人数居我市医疗机构儿科门诊首位。
儿科一区及儿科二区为普通儿科病区，现承担着小儿常见病、多发病的诊治及小儿疑难病的救治工作。儿科一区以诊治呼吸系统、消化系统疾病为主，儿科二区以诊治小儿神经系统疾病为主。
PICU（儿童重症监护室）为我院重点科室，对儿童常见的急危重症如急性呼吸衰竭、心力衰竭、重症肺炎、脓毒败血症、各种休克、急性中毒、糖尿病酮症酸中毒、DIC、脑水肿颅内高压、多脏器功能障碍等诊治方面积累了丰富的临床经验，同时承担着焦作市重症手足口病的临床救治工作。
新生儿科是省辖市新生儿重症救护网络中心，诊疗技术水平在省内领先，部分达国内先进水平，承担着焦作市五县、五区新生儿危重症救治及对新生儿重症监护网络成员单位的业务培训、技术指导、危重症转运、疑难病会诊等工作。能够系统开展新生儿急救相关诊疗技术，如常频机械通气、高频机械通气，无创通气、双水平气道正压通气、经鼻高流量鼻导管吸氧术、新生儿全身换血技术、亚低温诊疗技术、经外周中心静脉置管术、经幽门十二指肠管喂养术、全静脉营养术等高端技术，实施了新生儿疼痛评估管理、鸟巢护理、袋鼠式护理及轻柔护理，间断胃管喂养及持续胃管喂养等。救治成活且随访生长发育良好的超低出生体重儿（超未成熟儿）最小的为孕周26周，体重700克。
儿童康复科被焦作市残联授予焦作市残疾儿童康复中心，规模、技术省内领先，是焦作市首家诊治小儿脑瘫的专业医疗机构，焦作市残联0-6岁贫困残疾儿童抢救性康复工程定点单位。科室分为病区、康复区、集体课区三个区，设有PT室、OT室、语言训练室、推拿按摩室、针灸室、理疗室等诊疗场所。收治范围：脑瘫、智力低下、自闭症、多动症、语言、听力、视力障碍、各种脑炎、脑病后遗症等。针对每位儿童进行综合评定的情况，制定科学的个体化康复训练方案，合理的短期目标、中长期目标，培训家长，建立了医院与家庭结合、医生和家长合作的脑瘫康复模式。
儿童保健科承担着全市五县、五区的儿童卫生保健指导工作。其儿童心理保健门诊拥有先进的心理测评软件、测试和训练器材。对全市儿童进行系统保健管理，建立生长发育档案，开设有儿童心理保健特色门诊、儿童生长发育门诊，主要诊治儿童心理及行为障碍，如多动症、孤独症、学习困难、注意力不集中、心理行为异常、语言发育迟缓、抽动症、肥胖症、性早熟等，同时开设有聪明宝宝亲子园，让0-3岁儿童通过亲子活动，在脑发育的黄金期最大限度开发宝宝的智力潜能。
五官保健科开展了床旁耳蜗发射听力筛查、脑干听自动诱发电位筛查、早产儿视网膜病筛查、新生儿听力筛查、儿童龋齿防治等工作。