传染科于1979年独立设置，2012年更名为感染科。目前是全省唯一的儿童感染性疾病专科，陕西省唯一的儿童手足口病及甲型流感重症定点救治单位，陕西省手足口病救治中心，陕西省儿童肝病诊治中心、儿童肝病学组组长单位，西安市小儿传染病专业重点学科。感染三科拥有主任医师2名、副主任医师1名、主治医师6名、住院医师3名，其中具有硕士研究生学历6名，在读博士2名，在读硕士1名。多人兼任全国、省市学会的副主委、常委及委员等。1、感染性疾病：百日咳、流行性感冒、麻疹、水痘、猩红热、流行性脑脊髓膜炎、流行性腮腺炎、流行性乙型脑炎、肾综合征出血热、败血症、病毒性肝炎、先天性梅毒、肺吸虫病及其他寄生虫病、侵袭性真菌感染、各种呼吸道感染性疾病、传染性单核细胞综合征、发热待查等。