感染二科是杭州市西溪医院重点学科，现有医护人员近30余名。自2010年成立以来，一直致力于艾滋病的诊治工作，擅长于艾滋病合并肺孢子菌肺炎、艾滋病合并马尔尼菲蓝状菌感染、艾滋病合并肺外结核、艾滋病合并隐球菌感染等机会性感染的诊治，艾滋病合并卡波西肉瘤、艾滋病合并淋巴瘤的诊治上也积累了丰富的临床经验，开展有艾滋病感染者脑外科、普外科、骨科、胸外科、泌尿外科、眼科、五官科、口腔科等手术治疗，解决了省内艾滋病患者手术治疗的需求，开展的艾滋病患者脑活检术、艾滋病合并隐球菌感染颅内高压患者脑室腹腔分流术在国内也处于领先水平。先后参与国家十三五规划、中国比尔盖茨基金项目、主持多项省部级科研项目。2014年杭州市疾控中心将我院设为艾滋病患者一站式服务管理中心，2019年杭州市艾滋病诊疗质控中心在我科挂牌成立。每年承担浙江省艾滋病诊治骨干医师理论培训和进修实践工作。学科带头人喻剑华是全国艾滋病专家库成员之一。
门诊一站式管理中心有专职医生2名，专职护士4名，个案管理师1名，在门诊患者管理和随访中积累了丰富的经验，患者服药依从性和病毒抑制率均达到98%以上。